Velehrad hører til mellem de mest betydningsfulde valfartssteder i Mæhren. Stedet forbundes med sædet af mæhriske herskerne og også med stedet, hvorfra den mæriske kristendom blev udbredt efter forbillede af Skt. Kyrillos og Methodios. I nærheden af Velehrad stod også oprindeligt Methodios metropolits domkirke, hvor han blev begravet. Masse destruktion fulgte med ungarerenes strejftog på tidligere bosættelser i Mæhren, derfor er det umuligt for os i dag at bestemme præcist domkirkens oprindelige beliggenhed. Det er først og fremmest kulten af de to slaviske apostle, der sammen med Skt. Benedikt er Europas skytshelgener og giver Velehrad en stor betydning også udenfor Tjekkiet.
Historien om det nuværende Velehrad går tilbage til begyndelsen af 1200-tallet, da Mæhrens greve Vladislav Jindřich sammen med sin bror, den tjekkiske konge Přemysl Otakar den I., grundlagde Mæhrens første cistercienserkloster her. De tolv første cistercienser kom til Velehrad i 1205 fra det bøhmiske kloster i Plasy. I midten af 1200-tallet afsluttedes byggeriet af Mariahimmelfarts domkirke og klosteret i overgangstilen fra den gotiske til renaissance. Den pragtfulde domkirke var med sine fem skibe og længde på 100 meter på det tidspunkt Bøhmens største domkirke. Resterne af den oprindelige basilika kan stadig ses i dag – der blev bevaret tre af fem apsider, hovedapsiderne er udsmykket med en smuk romansk frise og nede i lapidariumet kan man se domkirkens oprindelige romanske fundamenter.
I 1400-tallet blev klosteret nedbrændt af hussitterne og i de følgende århundrede blev det ombygget flere gange og fik dets nuværende udseende ved århundredeskifte mellem det 17. og 18. århundrede. Arkitekten af den barokke ombygning er desværre ukendt, men ifølge stilen gætter man på Giovanni Pietro Tencallo. Heller ikke navnene af de kunstnere, som deltog i udsmykningen af interiøret, er kendte. Til den mægtige barokke facade blev tilføjet to tårne og domkirkens gulv blev forhøjet 2 meter.
I løbet af kejserens Joseph den II. regeringsperiode blev klosteret ophævet, og den berømte basilika blev til en ubetydelig landsbykirke. Domkirken begyndte af forfalde, den med marmorsøjler udsmykkede kapitelsal blev brugt som hestestald. Det var først i den anden halvdel af 1800-tallet, hvor man begyndte af genopleve Velehrads tradition i forbindelse med et tusindårs jubileum af Kyrillos og Methodios ankomst til Mæhren. I år 1890 kom jesuiterne til Velehrad, som er her indtil i dag, undtagen 40 år af kommunistisk periode, hvor klostret blev ophævet. Pave Pius den IX. værdsatte Velehrads betydning i Skt. Kyrillos´ og Methodios´tradition og tildelte domkirken titlen „basilica minor“ i år 1927. I år 1985 i anlending af 1 100. jubilæum Skt.Methodios´død forærede pave Johann Paulus den II. basilikaen Den Gyldne Rose (denne højagtelese fik kun en par domkirker i verden) og han besøgte også stedet personligt under sit første besøg i Tjekkiet i år 1990.
