Klosteret i Kladruby er et af de ældste tjekkiske klostre. Dets historie går tilbage til den bøhmiske konge Vladislav der grundlagde klosteret på et sted, som allerede i lang tid havde været tilbedt som et centrum af troen, kultur og økonomi for Kongeriget Bøhmens vestlige del. I 1233 blev bygningen afden romanske basilika med tre skibe afsluttet. Det var på det tidspunkt Tjekkiets største kloster. Det regnedes også til en af Tjekkiets tre største domkirker. I løbet af tiden har klosteret fået ikke kun rigdomme, magt og betydning, men husede også flere gange den tjekkiske konge og tysk og romersk kejser Karel den IV.
Under hussitterkrigen i 1421 blev klosteret erobret af Jan Žižka fra Trocnov, og munkene flygtede med deres mest værdifulde ejendomme til Regensburg. I begyndelsen af 1500-tallet blev den renoverede kirke genindviet, men blomstringstiden varede ikke længe på grund af en stor brand i der 1590 udbrød i Kladruby og alle klosterets bygninger blev ødelagt. Under Trediveårskrigen blev klosteret belejret og bestjålet flere gange, men allerede i 1653 blev klosterets Jomfru Marias domkirke og konventet igen renoveret .
Arealets nuværende udseende stammer fra den første halvdel af 1700-tallet. På dette tidspunkt blev klosterets kirke ombygget, opført af Giovanni Blaseo Santini i den barokke gotik. Santini lod domkirkens tårne rive ned og byggede i stedet for en høj kuppel med en lanterne og en gylden fyrstekrone der symboliserer at det er klosterets grundlægger, Václav den I., der ligger begravet her. Jomfru Marias domkirke (Chrám Panny Marie) blev færdigbygget i 1726 men byggeaktiviteterne fortsatte så der blev bygget et nyt konvent der sandsynligvis blev tegnet af Kilian Ignatz Dientzenhofer. Byggeriet stod færdigt i 1770, men 15 år senere blev klosteret lukket på grund af reformer fra Joseph den II. Derefter blev der i klosterets bygninger indrettet et sygehus, en kaserne, et invalidehjem og et bryggeri. I 1825 købte marskalen Alfred Windischgrätz ejendommen på auktion og hans efterkommere var ejere indtil 1945, hvor Kladruby blev nationaliseret. Kirken spillede en vigtig rolle ved den drabelige død af Jan fra Pomuk, som blev viet til Jan af Nepomuck i 1700-tallet – i dag den mest populære helgen, hvis statuer vi finder på næsten hver eneste landsbybro. Jan stammede fra en nærliggende landsby ved navn Napomuk, og blev inddraget i stridigheder om magt mellem den pragske ærkebiskop Jan fra Jenštejn og Václav den IV, kongen ville nemlig formindske Prags ærkebiskop´s magt ved oprettelsen af et nyt bispedømme der også skulle forvalte Kladrubys område. Kongen ventede på abbedens død for at kunne udnævne en stedfortræder i hans sted, men kongens modstandere forpurrede herskerens planer med et hurtigt valg af en ny egen abbed der blev godkendt af Jan fra Pomuk. Resultatet af denne politiske forvikling var at ærkebiskoppen blev drevet i eksil, Jan fra Pomuk blev tortureret og til sidst af kongens hjælpere smidt ud fra Karlsbroen i Moldau. I dag kan man i klosteret se en udstilling om benediktinernes historie, statuer af M. B. Braun, en tidlig gotisk Madonna fra Kladruby. I klosterets kirke spilles mange koncerter.
